蓝藻是对蓝藻门植物的笼统叫法，包括色球藻和藻殖段两纲。蓝藻是一种原始、古老的植物，除了含叶绿素a(不含叶绿素b)、叶黄素和胡萝卜素外，还含有藻胆素(藻红素、藻蓝素和别藻蓝素)。

因藻蓝素含量较大，因此细胞大多呈蓝绿色，故蓝藻又称蓝绿藻；又因为大多数蓝藻的细胞壁外面有胶质衣，有人也称蓝藻为“粘藻”。如太湖暴发蓝藻，水体黏稠、发臭，就与这蓝藻的胶质衣有关。

蓝藻在地球上生存了33亿～35亿年，目前，已知蓝藻有1500多种，分布十分广泛，遍及世界各地，但主要为淡水种类。除少数蓝藻能够生活在60℃～85℃的温泉中外，大部分蓝藻生存的温度在30℃～40℃之间。

不过，仅温度适宜并不会造成蓝藻暴发，水体中存在大量氮、磷等营养物质，且水体不流动，再加上适宜的温度，是造成蓝藻暴发的主要原因。

蓝藻暴发时，会在水面形成一层蓝绿色带腥臭味的浮沫，被称为“水华”，也有人称为“绿潮”（以区别海洋发生以褐藻为主的“赤潮”）。“水华”的出现，会加剧水质恶化，对鱼类等水生动物，以及人、畜均有较大危害，严重时会造成鱼类缺氧死亡。

更为严重的是，蓝藻中有些种类（如微囊藻）还会产生毒素，大约50%的“绿潮”中含有毒素，是肝癌的重要诱因。这种毒素非常耐热，不易被沸水分解，饮用被蓝藻毒素污染的水源对人体健康极为不利。

第一，生物防治法。

蓝藻是淡水鱼类的食物，花鲢或白鲢每增长1公斤体重就能“消灭”40～50公斤蓝藻，因此可以通过投放此类鱼苗治理藻类，防止藻类暴发。从放鱼苗到捕捞上岸，一条鲢鱼一共能吃掉60公斤左右的蓝藻。有人测算，向太湖投入价值1亿元、大约2.8亿尾鲢鱼苗就可有效控制太湖蓝藻的发生。但是如果水华污染严重，鱼类无法生长，形不成大的种群，还是难以控制蓝藻大规模暴发。

第二，生物浮床法。

利用吸附藻类的植物和其他生物控制水体中的营养物质，抑制藻类过量繁殖，从而建立生态平衡系统。在人工浮床上，用人工方法让水上长出美人蕉、水葫芦、旱伞草等等水生植物，既能吸收水体中的氮磷等污染因子，又可抑制蓝藻生长。

第三，机械捞法。

这是最原始和传统的办法，即用人力连水带藻一起捞出，在无锡水源口就是采取这个办法。为了提高速度，也有人发明了自动金属膜过滤器，在动力船缓慢行驶过程中，通过金属膜不停转动，把所有蓝藻都打捞上船，打捞速度是人工的上千倍，在打捞过程中，增加了絮凝、沉降、气浮、推流、收藻等多功能。优点是打捞彻底，缺点是对于大面积蓝藻治理仍难奏效。

第四、化学法。

第五、微生物菌除藻。

将活性污泥中的有益菌种进行菌群筛选、分离出来，喷雾干燥后获得高密度菌粉，再通过工厂化大规模生产，附着到专利填料上，形成高效处理系统。在上海的试验显示：河道治理前水体呈暗黑色，水体富营养化现象严重，没有水生动植物生长。经过12 天治理，治理段水质明显改善，水体清澈无异味。

第六、高强磁灭藻。

即应用高强度磁场杀藻。有人发现，在磁场强度为3700高斯的高强磁水处理器的作用下，水体中藻类数量由50万个/mL降到5万个/mL，蓝藻基本消除；水体溶氧量和透明度分别由原来的2.40mg/L、1000px提高到7.20mg/L、1875px，水体质量明显改善。这个方法的缺陷是成本高，不能对大范围蓝藻进行处理。

第七、工程疏浚法。

即引入活水，如长江水，利用大水量将蓝藻连同发臭的湖水冲进海洋。特点是能够对大面积蓝藻进行治理，缺点是没有从根本上治理，是将污染转移到别的地方。不宜大规模提倡。