随着我国工业化建设的不断推进，水污染形势日趋严峻。相比于城镇污水处理设施较为完善而言，农村污水处理设施的建设相对滞后。建设部《村庄人居环境现状与问题》调查报告显示：96%的村庄没有排水渠道和污水处理系统，生产生活污水随意排放，由此造成农村河流普遍遭到污染，严重威胁地下水，甚至有的浅层地下水已经遭到污染，不能取用。

由于农村生活污水处理设施在规模、技术及运行管理方面与城镇污水处理设施存在较大差异，因此农村地区的污水排放不宜完全按照城镇污水处理厂污染物排放标准执行，亟需制定适合农村实际情况的农村生活污水排放标准。而标准不明，直接影响具体技术路线的选择。

村镇等农村聚居点因缺乏规划和环境管理滞后造成污染。国家只重视编制城镇总体建设规划，忽视了与土地、环境、产业发展等规划的有机联系。“目前我国的环境管理体系主要是建立在城市和重要点源的污染防治上，农村污染治理体系尚未建立。而乡镇政府财力不足、缺乏必要的扶持政策，这些都是农村环境管理滞后的原因。”陈吕军说。

农村生活污水处理是改善农村水环境的重点。然而无论是在约束规范还是在污水处理管理体系的建立以及污水处理设施的建设上，农村地区始终是“老大难”。我国的环境管理体系以城市污染和工业污染防治为目标而建立，目前针对农村的环境管理还存在管理机构匮乏、环境保护职能权限分割与污染性质不匹配、没有基础的环境监测和统计工作等一系列问题，这些让解决农村污水治理问题难上加难。

农村经济水平相对落后，大多数地区的乡镇财政难以承受建设及运行费用，而污水处理作为一项公益事业恰恰需要大量的资金投入。农村地区所采用的分散型污水处理由于规模小的特点也难以市场化，对企业及社会资金缺少吸引力，因此其境遇可以说是进退维谷，急需相关的政策支持。

我国农村人口较少，分布广泛且分散，大部分没有污水排放管网。农村生活污水浓度低，水中基本不含有重金属和有毒有害物质，但不排除随着人们生活水平的提高，部分生活污水中可能含有重金属和有毒有害物质。同时，农村污水含有一定量的氮、磷，水质波动大，可生化性强，不同时段的水质又有所不同，适合采用分散式处理。分散污水处理工艺大致可分为两类：一是利用土壤作为处理载体和排放载体的自然处理系统，包括突然快速渗滤、慢速渗滤、地下渗滤和人工湿地等。二是利用复杂的生物和物理过程的传统处理系统，以各种池体、水泵、鼓风机和其他机械作为一个处理整体，这些处理包括微生物的悬浮生长、附着生长以及二者混合的形式。在实际的农村污水处理应用中常常是综合利用上述两类处理工艺。

相较于农村污水排放标准和技术选择，建立长效运营机制则显得更为重要，不能把农村环境整治设施建设作为面子工程来对待。他反复强调：“农村污水的治理，不仅要看地上，更要看地下，对农村污水治理的首要问题是管网的建设。”有数据显示，2014年1月~5月农村污水管网建设项目约45个，累计铺设管网500公里，总投资约1.1亿元，约占期间污水处理总投资的34%。建议设置农村分散型污水处理专项基金，用于设施的建设和运行。国家和各级地方政府可以出台税收、征地等一系列支持政策鼓励企业和社会资金的投入。地方各级政府可将处理设施对污染物的减排量纳入重点水污染物排放总量控制指标要求，把农村生活污水污染物排放量纳入排污权交易体系，为处理设施的建设运行筹集资金。

一些村镇通过集中整治建设了污水处理设施，但不久便出现了设施闲置破损、杂物乱堆乱放、垃圾污水依然存在的问题，原因就是没有建立管护长效机制。陈吕军认为，新农村建设三分在建，七分在管。村庄供排水、污水治理等公用设施的运行管护，要做到有制度、有资金、有人员，要积极探索建立管护经费保障制度，建立管护队伍，确保治污成果能持续发挥作用。

我国96%的村庄没有排水渠道和污水处理系统乡镇企业废水COD等主要污染物排放量已占工业污染物排放总量的50%以上，污染物处理率也显著低于工业污染物平均处理率2014年1月~5月农村污水管网建设项目约45个，累计铺设管网500公里，总投资约1.1亿元，约占期间污水处理总投资的34%。