1950年，日本水俣湾附近的一个化肥厂将大量含有有机汞的废水排入水俣湾，造成水俣湾和新县阿贺野川下游283人汞中毒，其中60人死亡。1955—1972年期间，日本富山县神通川流域的工厂排放未经适当处理的含镉废水，造成当地130人因镉中毒患上名为“痛痛病”的怪病，其中81人死亡。日本两次震惊世界的水污染事件，使得日本政府不得不重视对水污染的预防与控制。

立法保障、规划先行，二者并重

日本政府很早就开始通过制定相关法律法规来对水资源进行管理，尤其在震惊世界的“水俣病”与“痛痛病”发生之后，日本政府更加注重水资源法律法规的制定、颁布与实施。如《水源地域对策特别措施法》《河川法》《工业用水法》等一系列法律法规，涵盖了水资源管理的方方面面，全面制约和规范全国的水事活动。其中《水资源开发促进法》是日本的水资源管理法律体系的龙头，主要从规划角度来明确有关水资源综合开发利用合理化的重要事项；《公害对策基本法》与《水污染防治法》对水质环境标准、排污标准和违法处罚标准做了明确具体的规定。值得一提的是，1978年制定的有关工业废水的条例，很好地限制了工业废水大量排入河流与湖泊，在此之后，由于镉和氰化物等有机物所造成的水质污染基本彻底消失（“痛痛病”属于镉中毒事件）。

日本历来注重对水资源的利用进行长远的统一规划，致力于实现城市水资源开发、利用与管理的可持续发展。早期的规划着重于河川水量的分配、调度，后来的规划着重于确保水质。水资源规划分为基本规划和全国规划两个层次，基本规划在先，全国规划在后。第一，水系基本规划。基本规划始于1962年制定的《水资源开发促进法》，该法规定，凡是在产业发展和城市人口增加迅速、需要制定紧急用水对策的区域，作为该区域主要供水水源的河流水系将被指定为“水资源开发水系”，并对该水系制定水资源开发基本规划，规划内容包括各部门用水量的预测及供给目标，需兴建设施的基本情况，以及其他有关水资源综合开发利用合理化的重要事项等。第二，全国综合规划。日本的全国规划主要是《全国水资源综合规划》，内容包括与水资源的开发、利用、管理和保护有关的中长期规划，以及对全国水需求的长期预测。《全国水资源综合规划》是一个长期的动态的规划，在不同的规划年度具有不同的重点内容。1999年完成的《全国水资源综合规划（水规划21）》，规划年度为2010—2015年，主要提出了建立可持续用水系统、保护和改善水环境以及复兴和促进水文化、提高公众参与水平等三个基本目标，更强调水资源的高效利用。

转变理念、防污在先，综合整治

20世纪50年代到70年代，是日本高速发展的时期，为了满足工业发展对水的需要，日本修建了许多大型水利工程，对水进行储存和调用，同时大力开发诸如地下水等其他水源，但总体理念是“轻节流、轻治污”与“先污染、后治理”，为此，日本政府付出了惨痛的代价。以“水俣病”和“痛痛病”为转折点，日本政府转变思路，从先污染后治理开始逐步转向事前防治和源头保护。第一，通过科学合理的总量消减计划控制总量的排放，对人口和产业集中的区域，以及大范围向封闭性水域（湖泊、内湾、内海）排放大量生活污水或产业污水的地区，引入排水总量控制制度，制定污染物总量削减基本方针以及各污染源分解削减目标量。第二，全面推广污水处理新技术，大力发展污水处理产业。为了应对废水处理技术的迫切需要，日本政府联合许多大公司共同投资，进行了为期6年的“水复兴90年规划”科研项目，不仅帮助许多企业建立了废水处理技术系统，而且开发了一种膜技术与生物反应器相结合处理工业和城市污水的技术，直接推动了膜生物反应器在污水处理中的应用。目前，膜法水处理技术仍是污水处理最经济的方法之一。第三，建立水权制度，实现政府调控与市场引导。在日本，水权的取得遵循“占有优先”的原则，河川上下游、左右岸、地区之间以及农业、工业、市政、水电等部门之间，各自拥有不同空间、不同时间、不同用量的水权，同时拥有不同的排污权，通过水权交易市场实现水资源的优化配置和高效利用。此外，政府还会根据实际情况在引水量上进行控制和协调，如为了保证河水在自然循环中的净化能力，规定只有在河水超过河流正常流量时才可取用；在干旱来临时，优先引水权要经过当地用水协调委员会的协商，先满足抗旱灌溉的需要，再兼顾其他方面等。

多龙管水、治用分离，分工协作

日本水资源管理以“治水与用水分离，多龙管水”为主要特点，由多个政府部门和组织共同完成，并没有统一的水资源管理机构。为了便于对水资源的统一综合管理，2001年日本将原来的环境厅、国土厅、厚生省、农林水产省、通商产业省以及建设省等6个水资源管理部级机构调整为环境省、国土交通省、厚生劳动省、经济产业省和农林水产省等5个。其中国土交通省负责治水，包括制定水资源开发与管理政策、水法律、库区发展及水供求计划、水资源开发基本规划、河流超大型堤防、水坝等的建设管理等；环境省负责治污，即从事水质与环境保护工作，包括制定与实施环境标准、水污染控制法及饮用水源水质保护特别措施法等。用水则根据用途不同分别由厚生劳动省、经济产业省和农林水产省负责。其中厚生劳动省负责居民生活用水供应管理，包括供水法和公共供水水源地水质保护法律的制定与实施等；农林水产省负责农业用水供应，水源保护区森林保育等；经济产业省负责工业供水和水力发电事项，包括工业用水法和工业供水事务法的制定与实施。5个部级机构依靠法律紧密地联系起来，按照法律赋予的权限对水资源进行依法管理，各司其职，衔接配合，既分工合作、又相互制衡，在分别承担各自领域内的具体职责的同时，通过省际联席会等形式加强交流与协作，进行水资源的综合管理并制定水资源相关的综合性政策，形成了分工合作又全面统一的水务管理体制。地方级的都、道、府、县也设有相应的水务管理机构。