生态浮岛的植物选择应遵照如下原则：①适宜水培条件生长的多年生水生植物；②具有耐污、抗污和有较强净化能力；③根系发达、繁殖能力强，生长快、生物量大；④景观效应好。浮岛植物的选择及其组合还要考虑季节搭配，使其在不利的季节（如冬季）条件下仍具有一定的净化效果和景观效应。

提高覆盖率虽然对净化水质有利，但覆盖率过高将影响水体的景观效果和使用功能，而且植物在夜间的呼吸作用随着覆盖率的增加而加大，最终导致植物在夜间消耗过多的溶解氧，造成水体周期性缺氧。工程应用中，生态浮岛覆盖率要根据水体污染水平和净化要求、水体规模和使用功能（行船、泄水、景观）等情况来确定。

又如为了解决单元型浮岛浮力问题以及结构强度，现在广泛使用的吹塑加气型浮岛，由于安装简单，成型方便，得到了很好的发展和应用。但根据作者长期跟踪发现：尽管有些浮岛添加了抗氧化剂和抗紫外助剂，但大多在2—3年后会出现大面积的脆化漏水及损坏等情况。特别是沿海地带，采用扣钉方式容易出现植物倒伏问题。在水质净化方面由于种植面较小，第三年，甚至第二年，就出现植物生长受抑制的问题。

浮床安装在水中，因此其管理和维护只能在船上进行，操作难度高、工作量大、费用不菲。不过也有环保公司开发出了易管理维护的浮床结构，如浮田型生态浮岛，植物根系和浮岛材料可溶为一体，植物根系盘根错节，相互牵拉，使浮床浮力超强，可载人。且材料本身为中空管状结构，能够形成很好的水体微动力循环，最终形成密实的仅有植物根系的生物质浮床，模块化结构使施工安装非常简单便捷，且其一体式结构有效保障了浮田抗风浪能力。