1.河道防洪能力低、易受涝；

2.河道景观缺失、亲水性差；

3.水质污染严重。

1.截污纳管

从源头上治理,雨污混流的改造；全面普查管网,从系统上解决污水问题；对于污染源无法查清的排污口,采用沿河截排的工程措施；对小区和工业企业发整改通知。

2.垃圾清理

从源头上控制,推行废物减量化技术，控制与消减地表面污染潜力,减少面源污染含量,从而达到控制进入水体的面源污染负荷的目的；完善旧村及工业区垃圾储运系统；增加水面保洁船舶和设施,配备水面保洁队伍；实行“门责管理”措施,加强监管,提高市民环保意识。

3.清淤疏浚

福田河需要清淤疏浚的河段总长为5.07km，淤泥量约为57000m3/d，且全部属于污染量，由船运至伶仃洋弃置；挖泥船能直接清理污泥量约有26000m³，其余31000m³需由人工下河清理。

4.河口建闸

截断顶托海水污染，增大河水交换。在福田河的出海口处建防潮闸，其作用为: 第一,防止受污染的深圳河水倒灌, 使河水往复流变为单向流，以保持河流水质洁净。第二，通过水闸的启闭，实现水质交换，并冲刷河道。第三，保持景观水面。福田水闸应提高自动化程度，实现以水闸前后水位、流域雨情预报以及福田河流量等因素控制闸门开启。

5.防洪工程

根据福田河整治综合影响因素分析以及罕见洪水灾情评估,确定福田河防洪设计标准为百年一遇。通过在河道中上游增设滞洪区削减洪峰,在维持现状下游河道过流能力的条件下,建设滞洪区与河道组合效应的防洪体系。

6.引水补水

按照截污量达到85%(约5000m3/d的剩余污水需要稀释)以上推算,福田河需要补充水量约为30000m3/d。近期采用域外补水和境内补水并行，2005 年以后采用中水回用补水。在特区内距离福田河较近的现状污水处理厂有滨河污水处理厂(二级处理工艺,现状规模:300000m3/d)和罗芳污水处理厂( 二级处理工艺，现状规模:350000m3/d),以上两座污水处理厂为中水补充河道基流提供了有利条件。

7.充氧曝气

福田河河水整体处于缺氧状态。而水体的黑臭又是无氧时厌氧菌作用的结果, 因此对河流水体采用人工曝气的方式进行充氧，加速水体复氧过程，提高水体中好氧微生物的活力。在河道内结合景观措施设施，布置一些人工曝气装置如浮水喷泉、太阳能曝气机等来提高水体的氧含量。