在南京地理与湖泊研究所早期的湖泊摸底中，研究人员发现，受气候等因素影响，中国西部和北方地区湖泊总体呈萎缩消亡态势且水质咸化、碱化十分严重；而东部地区，特别是长江中下游地区，入湖污染物引起的湖泊水环境恶化现象严重。

2007年，太湖爆发了蓝藻水华事件。水华事件的发生不仅使公众饮用水受到污染，更是对湖泊生物造成了严重影响。经过长时间研究，研究所初步揭示了太湖蓝藻水华形成过程。这为蓝藻水华防控、预警奠定了基础。此外，中国对于水华治理取得初步成功，也吸引了韩国、美国等国专家前来交流。截至目前，太湖尚未再次发生大面积水华事件，但中科院太湖湖泊生态系统研究站秦伯强坦言，太湖蓝藻问题目前还无法根治。同时，他也表示，尽管在控源截污上做出了不少努力，但面对农村分散的面源污染，藻类回收仍是难题。藻类干化、如何产生经济效益等问题还需要进一步突破瓶颈：“控源截污我们做了很多工作，但我们还面临的我们做了很多农村面源污染，分散的污染很难处理，现在这个量很大，所以生态系统很难在短时间内很快恢复。蓝藻水华预计还会爆发，但打捞是没有办法的办法，但我们还是鼓励，毕竟把氮、磷污染物取出来了。现在还面临就是怎么处置问题，现在的技术瓶颈就是干化，干化后做肥料、可降解添加物也好都可以处理。特别是还要把成本降下来，只要是经济上有利可图的时候才成为资源化，但现在还需要研究。”

众所周知，长江中下游是“鱼米之乡”。人口稠密，经济发展快，对水体的污染也比较严重。朱广伟指出，水污染治理要靠政府、企业和老百姓共同努力。他还表示，政府可以细化排污标准，从而推动生态修复的进一步加快，“在一些国家，比如日本的琵琶湖，它要求尽可能提高标准、尽可能严格。对重要水体要大大严于国标。我们过去有种误解，认为达到国标了剩下的出了问题就是政府没管好。但是国标实际上是最低标准，国标就是在这个地方能实现，在贵州、新疆也能实现。就要设置地方标准，而且要严于国家标准。在琵琶湖流域的污水排放标准比国标严10倍。像美国在第一批治湖的时候，要求排放的磷几乎测不出来。”